La asociación CAMAWA, tendrá como órganos de Dirección y de Gobierno de la Asociación los siguientes:
- Asamblea General de Autoridades Indígenas
- Consejo de Gobernadores Indígenas de las comunidades afiliadas
- La Junta Directiva
ASAMBLEA GENERAL DE AUTORIDADES INDÍGENAS, Es el máximo órgano de Dirección y Administración; está conformado por todas las comunidades afiliadas, con una representación de diez (10) Delegados por comunidad afiliada.
CONSEJO DE GOBERNADORES INDÍGENAS, Es el órgano de Gobierno, que tiene las funciones Legislativas y de Planificación. También ejercerá las funciones de Justicia Indígena. Está integrado por cada uno de los Gobernadores Indígenas.
LA JUNTA DIRECTIVA, es el órgano de Dirección y Ejecución de la Asociación estará integrada por el Presidente, Vicepresidente, Secretario General, Tesorero y Fiscal y Coordinadores de Programas/ Educación, Salud, Recursos Naturales y Medio Ambiente, Territorio, Justicia Indígena, Comunicaciones y Mujeres.